La historia nos lleva 15 años después de su traumática experiencia en la casa de caramelo, los hermanos Hansel y Gretel se han convertido en un formidable equipo de caza recompensas, los mejores rastreando y aniquilando a toda bruja que se encuentran en el camino.
La ciudad de Augsburgo, donde transcurre la historia, tiene un problema muy grave de brujas, por lo que muchos de los hijos del pueblo han desaparecido y el poco cuerdo Sheriff Berringer (Stormare) quema a potenciales sospechosos e inocentes en la hoguera. Así que el alcalde de la ciudad recluta a los cazadores Hansel y Gretel para ayudar. Los hermanos tienen solo dos días antes de que la simpática bruja Muriel (Famke Janssen) aproveche la ocasión para el sacrificio de varios …ver más…

Descubren que las brujas se preparan para el ritual de la luna de sangre, lo que requiere sacrificar seis niños y seis niñas, cada uno nacido en un mes distinto. De repente, Muriel, y un troll, llamado Edward, atacan la ciudad y secuestran a la niña restante. Gretel queda inconsciente, pero es llevada a un lugar seguro por un chico local llamado Ben, su admirador y un cazador de brujas aspirante. Hansel agarra una bruja huyendo en su escoba, pero se pierde en el bosque.
A la mañana siguiente, Hansel se encuentra con Mina, que lo lleva a un manantial para curar sus heridas donde los dos entran desnudos al estanque. Mientras tanto, Gretel entra en el bosque en busca de él, pero es asaltada por Berringer y sus hombres por atraer a las brujas a su pueblo. Ella es rescatada cuando Edward llega y mutila a los hombres y repara sus heridas. Cuando Gretel le pregunta por qué la había salvado, las respuestas de Edward es que los trolls sirven a las brujas y se marchan. Hansel y Gretel se reúnen en una cabaña abandonada, descubren que no sólo es su casa de la infancia, si no que también era la guarida de una bruja. Muriel aparece frente a ellos, diciéndoles la verdad de su pasado. Ella revela que la madre de Hansel y Gretel fue una gran bruja blanca llamada Adriana, casada con un granjero. En la noche de la luna de sangre, el corazón de una bruja blanca que se necesita para crear