Caída del régimen de Martínez
El gobierno de Hernández ha sido ampliamente criticado por diversos sectores, enfocándose principalmente en sus prácticas teosóficas y las repercusiones de las mismas en sus acciones como gobernante. En primer lugar, la creencia del general de que el ser superior (el Estado, para el caso) debe tener el poder absoluto sobre los individuos lo llevó a convertir al Estado como un controlador individual, dotándolo de poder extraconstitucional sobre la vida nacional, entregándole el control a las fuerzas armadas. Tuvo un estricto control de los medios masivos de comunicación, alineándolos a favor de su régimen o simplemente cerrándolos ante la resistencia ocasional. Además, se le critica el exilio de los más …ver más…

Fue entonces cuando la sociedad civil, manifestándose en contra de los fusilamientos masivos de oficiales alzados, se rebeló mediante una huelga de brazos caídos que desembocó en la renuncia del dictador.
Rebelión militar
La tarde del 2 de abril de 1944, mediante el uso de fuerza aérea y de infantería, militares alzados bajo el mando de Adolfo Marroquín y Tito Calvo tomaron el control de los Cuarteles de Infantería, Sexto Regimiento de Ametralladoras, Base Aérea de Ilopango y Quinto de Infantería de Santa Ana. Todo sucedía mientras Hernández Martínez viajaba de La Libertad hacia San Salvador en una camioneta de alquiler.
Los combates se prolongaron hasta el 4 de abril, cuando las fuerzas leales a Hernández Martínez aniquilaron a los alzados en una emboscada camino a Santa Ana. Marroquín presentó la rendición y fue arrestado junto a Calvo, a quien le fue negado el asilo político en la embajada estadounidense. Ambos fueron fusilados sin juicio al siguiente día.
Rebelión civil
La sociedad civil, liderada por el intelectual Joaquín Castro Canizales, quien había colaborado con Hernández Martínez en 1931, se declaró en huelga paulatinamente. Desde el 26 de abril, los estudiantes universitarios impusieron una huelga parcial, seguidos por los estudiantes de secundaria, los maestros, los empleados de teatro, las vendedoras de los mercados, los profesionales, y exactamente un mes después del alzamiento militar, el 2 de mayo de 1944, rebeldes civiles impidieron