Desde 1975, en Juchitán han ocurrido importantes movilizaciones políticas por parte de la oposición al régimen del Partido Revolucionario Institucional (PRI). En la década de los 80 y los 90 hubo diversos gobiernos municipales de oposición identificados bajo las siglas de la organización llamada Coalición Obrera, Campesina, Estudiantil del Istmo (COCEI), fundada primordialmente por Leopodo De Gyves de la Cruz,César Pineda]], Héctor Sánchez López y Daniel López Nelio, lo que situó a Juchitán como uno de los primeros municipios en México en ser gobernado por un partido de oposición. La COCEI fue un movimiento político integrado por estudiantes, campesinos, obreros y la población en general juchiteca, así como de otros pueblos aledaños. En …ver más…

Esta elección significó un avance importante para el PRD local pues alcanzó la mayor votación de su historia en el estado, con una diferencia entre candidatos de 20,000 votos, de un universo de alrededor de 1 millón de electores. En su período como legislador Héctor Sánchez fue uno de los principales impulsores de la reforma a la ley de los pueblos indígenas.
En 1993, Oscar Cruz López, miembro fundador de la COCEI, ganó la presidencia municipal de Juchitán nuevamente bajo las siglas del PRD-COCEI. En este trienio se modernizó la imagen de la ciudad. Se pavimentó hasta un 90% de las calles y entre las obras más importantes de este período se encuentra la remodelación completa del crucero de la zona comercial de la ciudad. Adicionalmente se creó la unidad deportiva "Binizaa" (Binizá) o "Gente de las Nubes", se cambió y amplió la sede de la biblioteca pública municipal "Gabriel López Chiñas". La biblioteca fue decorada con pinturas de artistas locales, como Francisco Toledo. En este período también se remodeló una parte del centro de la ciudad, que incluyó el zócalo, el kiosco y las calles aledañas. Oscar Cruz López también fue senador por el estado de Oaxaca en la LIX Legislatura del Congreso de la Unión de México. Denunció de manera continua represión y asesinatos en todas las regiones Oaxaca durante el sexenio de José Murat.
Leopoldo De Gyves de la Cruz nuevamente es presidente municipal de la COCEI en 1999-2001 antes fue diputado federal, y diputado