Quando D. Manuel I morreu, deixou apenas 1 sucessor que era muito novo para reinar. Enquanto esperavam que este atingi-se a maioridade, o cardeal D.Henrique subiu ao trono mas morreu 2 anos depois. Assim, D. Sebastião foi aclamado rei.
Numa guerra (Alquácer Quibir) D. Sebastião desapareceu sem deixar descendestes. Assim havia 3 pessoas que poderiam suceder a D. Sebastião: D. Catarina de Bragança (como era mulher foi rejeitada); D. António Prior do Crato (ainda subiu ao trono mas morreu pouco depois); D. Filipe II rei de Espanha.
Assim Portugal ficou sob o domínio filipino.
D. Filipe I de Portugal e II de Espanha fez várias promessas como, por exemplo, não aumentar impostos, os cargos de administração seriam ocupados por portugueses e manteríamos as colônias nos vários continentes. D. Filipe I cumpriu estas promessas.
Os seus sucessores, D. Filipe II de Portugal e III de Espanha e D. Filipe III de Portugal e IV de Espanha não aconteceu o mesmo. Como a Espanha se encntrava numa grave crise política (guerra dos 30 anos), social (várias imigrações e aparecimento da peste) e econômica (as indústrias e os campos estavam paralisados) Taxaram os terrenos, envolveram as tropas portuguesas em conflitos espanhóis, foi nomeado um vice-rei espanhol
O povo português ficou descontente por isso organizava vários motins para tentar recuperar a sua independência. Um dos conhecidos é a revolta do Manuelinho.
Portugal só conseguiu a Independência a 1 de Dezembro de 1640.

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