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Antecedentes Históricos
1. Época Prehispánica
Las referencias históricas señalan la fusión de mexicas, zapotecas y mixtecas en los orígenes prehispánicos de la población del Estado de Oaxaca; estos tres grupos étnicos habitaron originalmente en distintas regiones, pero como muestra de sus adelantos en la atención médica tanto individual como colectiva, se hallan en las ruinas de Monte Albán las estelas monolíticas que describen la atención del parto, la práctica de la cirugía craneal y algunas explicaciones gríficas relacionadas con malformaciones teratológicas.
Tal y como lo describió el doctor Alfonso Caso, director de las exploraciones de Monte Albán (1931-1943), donde descubrió la tumba …ver más…

En 1669 llegan a Oaxaca los monjes Juaninos, haciéndose cargo de la capilla y construyendo el convento. En 1690 fue renovado el edificio por los mismos Juaninos, quienes solicitaron el solar anexo para la construcción de un nuevo templo y el establecimiento de un hospital, mismo que fue inaugurado el día ocho de octubre de 1702, y designándose entonces a dichas fundaciones con el nombre de San Juan de Dios, teniendo por Superior a Fray Juan de Llorenca.
Se emplearon en la obra más de noventa mil pesos, habiendo contribuido con treinta mil pesos Don Antonio Díaz Masseda; con otros treinta mil pesos Don Manuel Fernández Fiallo y el resto se tomó de los fondos municipales y Caja del Rey.
Fue construido este convento con todas las enfermerías y oficinas de un hospital, sin omitir una huerta de recreo. Prestó sus servicios por más de un siglo en forma eficiente, durante las epidemias de Viruela de los siglos XVIII y XIX, así como en las ocasiones en que el Cólera morbus invadió Oaxaca en el siglo pasado; curiosamente en agosto de 1853. Hasta que por falta de recursos y fallecimiento de los Juaninos, cuya orden quedó suprimida, el establecimiento quedó suprimida.
En diciembre de 1864 el templo fue consumido por el fuego, quedando solamente una