Lineamientos volcados en la Decisión CMC 26/2003
Las áreas temáticas en que se segmentaron esos lineamientos son: Mercosur Económico-Comercial, Mercosur Social, Mercosur Institucional y Nueva Agenda de la Integración.

El Mercosur Económico- Comercial comprende una propuesta de mecanismos necesarios para orientar las negociaciones y afianzar y desarrollar un esquema de integración. Entre estas medidas se encuentran: eliminación del doble cobro del AEC y renta aduanera, establecimiento de regímenes especiales comunes de importación, simplificación y armonización de los procedimientos aduaneros intrazona, libre circulación intrazona para un grupo de bienes de producción regional, contempla la elaboración de una norma que permita la …ver más…

Los Estados Partes se comprometieron a realizar aportes al Fondo durante un período de 10 años, pero se contempló la posibilidad de que el FOCEM recibiera contribuciones provenientes de terceros países, así como de instituciones y organismos internacionales.
El primer reglamento del FOCEM se aprobó por la Decisión CMC N° 24/05, pero en 2010 se aprobó un nuevo reglamento (Decisión CMC N° 01/10) que incorporó modificaciones en función de la experiencia adquirida durante el período anterior y otras disposiciones destinadas a reformular su estructura organizativa. Por ejemplo, se hizo explícita la posibilidad de que el Fondo reciba contribuciones voluntarias de los Estados Partes, se creó un Consejo de Administración responsable de evaluar el funcionamiento y orientación de sus prioridades, y se creó la figura del Coordinador Ejecutivo del FOCEM, a cargo de la administración de los recursos.
Distribución de proyectos por Programa del FOCEM:
Programa I Convergencia estructural - Programa II Desarrollo de la competitividad - Programa III Cohesión social - Programa IV Fortalecimiento institucional
Desde su entrada en funcionamiento en 2007, el FOCEM aprobó un total de 40