Colombia es un país cuya constitución establece, a partir de 1991, la separación iglesia-estado. Aunque la libertad religiosa existe en Colombia desde el código de trabajo del indígena americano en tiempos de la colonia, sin embargo la Iglesia Católica Romana mantiene privilegios de facto ya que la mayoría de sus habitantes se declaran pertenecientes a dicha iglesia. Aunque el Estado no mantiene estadísticas oficiales al respecto una encuesta del 2001 revelada por el diario El Tiempo, indica que un 80% de la población se declara católica, seguida por otros cultos de origen cristiano con un 11.5%, mientras que en menor medida otra porción de los habitantes se identifica con el judaísmo, el rastafarismo, el islamismo, y algunos otros no se …ver más…

Por otra parte, las influencias tridentinas y barrocas dieron un sello particular al catolicismo establecido en el país, presente todavía en tiempos contemporáneos.
Durante el proceso de independencia iniciados a principios del siglo XIX, varios clérigos criollos simpatizaron con la causa patriota y participaron activamente como agitadores, capellanes y aún soldados. Varios de ellos incluso llegaron a ingresar a la masonería cuyas logias se establecieron por esos años con gran aceptación de parte de las elites locales. Luego de un proceso dubitativo, el Vaticano reconoció en 1835 al nuevo estado independiente y estableció relaciones formales con este, iniciando además un proceso de romanización eclesiástica. Al tiempo, las elites liberales en el poder presionaron por el establecimiento de un estado cada vez más libre el influjo eclesiástico, lo que provocó choques de poder con la institución clerical que no estaba dispuesta a ceder su espacio en la sociedad.
Vale la pena aclarar que este hecho se presentaba en el contexto de la lucha entre federalistas y centralistas, aquellos de escuela liberal influenciados en la Revolución francesa, estos de corte conservador, fieles a la herencia española de honor militar y clericalismo; conflicto que más tarde desencadenaría en una de las guerras civiles del XIX que vivió la joven república, periodo conocido