Cuentas principales de la contabilidad de costos
A su regreso, sustituye a Pedro Gual como Jefe Supremo de la República, el 10 de septiembre de 1861. Todo el año 1862 y parte de 1863, conduce Páez la guerra contra los federalistas encabezados por Juan Crisóstomo Falcón. Finalmente el Tratado de Coche pone fin a las hostilidades en abril de 1863. Páez gobierna nominalmente en Caracas hasta mediados de junio; el 13 de agosto sale de Venezuela por tercera y última vez, estableciendo su residencia en los Estados Unidos.
El 13 de julio de 1867, el gobierno de Venezuela le expide el diploma que lo acreditaba como Ilustre Prócer de la Independencia Suramericana. El 6 de mayo de 1873 muere en Nueva York. Sus restos fueron repatriados y sepultados en el Panteón Nacional, el 19 de abril de