Las batallas en el desierto narra los problemas políticos, sociales y económicos que vivió un niño de ocho años llamado Carlos durante el gobierno de Miguel Alemán. También hace referencia a la cultura popular de la época (mencionando a personajes como Tin-Tán, Pedro Infante , Paco Malgesto, etc.) a los cambios tecnológicos que llegaban de los Estados Unidos después de la Segunda Guerra Mundial. Carlos vive en la colonia Roma de la Ciudad de México, colonia en la cual vivían extranjeros como judíos, árabes y gente del sur de México. Era de la clase media, su madre provenía de una familia conservadora de Guadalajara, antes pudiente y luego venida a menos y su padre tenía una compañía de jabones, la cual había entrado en bancarrota debido a …ver más…

Después de esto los padres de Carlos se enteraron de lo sucedido, y éstos obligan a Carlos a confesarse ante la iglesia e ir al psiquiatra. Carlos se queja de que nadie comprenda el significado de su confesión de amor hacia Mariana; para su madre es un escándalo y un insulto a su decencia (pues dudaban de la buena reputación de Mariana por ser madre soltera); para su padre, Carlos está mal de la cabeza; el sacerdote sólo se preocupa de verificar si el niño no cometió pecados contra la pureza (lujuria y/o masturbación) y su hermano Héctor (un aventurero empedernido que hostigaba hasta a las empleadas domésticas) está intrigado por saber si Carlos al menos intentó alguna aventura sexual con Mariana. Carlos es cambiado de escuela y su familia entra en una época mejor en la cual su padre había sido contratado por las mismas empresas que antes lo habían dejado en bancarrota. Héctor, hermano de Carlos quién había entrado a la cárcel tras una riña y que era el conflictivo de la familia, llegó a estudiar en Chicago; sus hermanas, una de las cuales había tenido un amorío con un actor fracasado y el cual se ahorcó, se fueron a Texas.
Un día, después de algún tiempo, Carlos encuentra a Rosales, el compañero más pobre de su antigua escuela y un buen alumno con quien había tenido un pleito. Éste