Nació en 1778 en Yapeyú, una ex misión jesuítica situada a orillas del río Uruguay en la Gobernación de las Misiones Guaraníes del Virreinato del Río de la Plata, en la actual Provincia de Corrientes, Argentina.
Su padre, Juan de San Martín, hijo de Andrés de San Martín e Isidora Gómez, había nacido en la villa de Cervatos de la Cueza, en la Provincia de Palencia (antiguo reino de León, España), y era Teniente gobernador del departamento. Sirvió como militar a la Corona española y fue el primer teniente gobernador de la Gobernación de las Misiones Guaraníes con sede en Yapeyú, creada para administrar las treinta misiones jesuíticas guaraníes, luego de que la orden fuera expulsada de América por el rey Carlos III en 1777.
Su madre, …ver más…

El 28 de julio de 1794 alcanzó el grado de subteniente 1°, el de teniente 2° el 8 de mayo de 1795, ayudante 2° el 26 de diciembre de 1802 y capitán el 2 de noviembre de 1804.7
Durante el período siguiente luchó con el grado de capitán 2º de infantería ligera en diferentes acciones, en la Guerra de las Naranjas contra Portugal (1802) y en Gibraltar y Cádiz contra los británicos (1804).
En 1808 las tropas de Napoleón Bonaparte invadieron la península Ibérica y el rey Fernando VII fue hecho prisionero. Poco después estalló la rebelión contra el emperador y contra su hermano José Bonaparte, que había sido proclamado rey de España. Se estableció una Junta Central de Gobierno, que actuó primero en Sevilla y luego en Cádiz. San Martín fue ascendido por la Junta al cargo de ayudante 1º del Regimiento de Voluntarios de Campo Mayor. También sirvió más de un año a bordo de la fragata de guerra Dorotea.
Distinguido por sus acciones contra los franceses, fue ascendido a capitán del Regimiento de Borbón. Su principal actuación fue en la gran victoria de la Batalla de Bailén, del 19 de julio de 1808, en que tuvo una actuación destacada como ayudante del general marqués de Coupigny. Esta victoria fue la primera derrota importante de las tropas de Napoleón, y permitió al ejército de Andalucía recuperar Madrid. En premio por su actuación, San Martín recibió el grado de teniente coronel el 11 de agosto de 1808. El ejército completo recibió la