Tendo como fundamento razões econômicas, a indústria da transgenia tenta suprimir os riscos apresentados pelos produtos transgênicos. Na avaliação dos riscos, parte-se de uma chamada equivalência substancial entre organismos transgênicos e convencionais, sendo que são estudados, de forma exclusiva, os genes, sem abordar os efeitos deste a partir do contexto em que estão inseridos (Andrioli/Fuchs, 2008). Os genes de seres humanos e de macacos, por exemplo, coincidem em 99%, o que deixa claro que a mera análise genética pouco esclarece sobre a composição de um organismo. No que se refere á soja, entre seus 100 a 200 mil gens, apenas 20 foram estudados, algo em torno de 0,01% do genoma dessa planta (Parodi, 2005). Diante disso, fica claro que o princípio de uma "equivalência substancial" entre a soja transgênica e a convencional é avaliado mais por um desejo econômico do que pela seriedade científica.
As multinacionais da indústria química e seus defensores trabalham com dois dogmas centrais, ou seja, que a transgenia seria objetiva (isto é, que os genes seriam isoláveis e objetivamente transferíveis entre os seres vivos) e que, no caso dos novos genes inseridos, seria comprovável apenas o efeito intencionado. Essas afirmações, no entanto, não são comprovadas cientificamente. Por meio dos métodos atuais, seja pela chamada pistola de DNA[1] ou pelo uso de agrobactérias (como é o caso da soja transgênica), os genes são inseridos espontaneamente, de sorte que permanece desconhecido o local exato no genoma do organismo receptor, assim como a freqüência da integração.
Como a atividade de um gene depende de sua posição exata, do ambiente celular e do meio ambiente, é muito improvável que a integração de um novo gene tenha apenas uma função, sendo, portanto, difícil excluir efeitos colaterais indesejados, como, por exemplo, a produção de novas substâncias tóxicas. Ainda que se desenvolvam novos métodos para garantir o controle de genes inseridos (até o momento muito complicado, como, por exemplo, inserindo de uma só vez blocos de genes em uma planta), os efeitos colaterais não serão menores. Pelo contrário: a probabilidade só pode crescer na medida em que o metabolismo da planta aumentar em complexidade. A genética molecular é simplificada pelo conceito da transgenia como metodologia de cultivo de plantas, reduzindo-a a unidades aproveitáveis. Com isso subestima-se o fato de que uma planta não consiste, simplesmente, da soma de genes, que a regulagem genética funciona em rede e há uma diversidade de interações de um organismo com o meio ambiente, como conseqüência de sua capacidade histórica de adaptação.
Outro argumento muito utilizado pelas multinacionais é que até o momento não teriam sido comprovados acidentes significativos em função do cultivo e consumo de plantas transgênicas. Como não há uma efetiva obrigatoriedade de rotulagem de alimentos transgênicos nos países líderes em cultivo de transgênicos (a rotulagem é, justamente, impedida pelo insistente empenho das multinacionais), não há, portanto, um grupo comparativo para poder promover tais estudos. Uma vez que resultados de laboratório não podem simplesmente ser transferidos a campo, eventuais efeitos permanecem velados, sendo apenas detectáveis quando os perigos já se apresentam. Acrescenta-se ainda o fato de que há pouquíssimos estudos independentes disponíveis sobre os efeitos dos transgênicos á saúde. Muitos institutos de pesquisa capacitados para a pesquisa são, em crescente medida, financiados e influenciados pelas multinacionais interessadas.
Apesar disso, existem alguns estudos que questionam a segurança da tecnologia transgênica com relação á saúde. No caso da variedade de milho StarLink, resistente a insetos, desenvolvido pela Bayer em 2002, foi constatado o perigo deste causar alergias. Isso provocou a diminuição de investimentos na pesquisa transgênica pelo grupo da indústria química (Aventis, 2001). A variedade MON 863, da Monsanto, resistente a insetos, suscitou uma enorme polêmica em 2004, quando, em testes de alimentação desenvolvidos com ratos, realizados pela própria empresa, foram constatadas modificações no sangue das cobaias (aumento de glóbulos brancos, elevada glicose e aumento de infecções renais) (Carrel; Rowell, 2005). No que se refere á soja, pesquisadores das Universidades de Urbino e Perugia constataram, em 2002, em testes de alimentação com camundongos, a ocorrência de alterações na estrutura do fígado em cobaias que recebiam 14% de soja transgênica em sua ração (Malatesta et al., 2002). Isso pode ser causado por produtos metabólicos desconhecidos em função de efeitos posicionais do gene resistente a herbicida, com também em função de efeitos conhecidos de resíduos de superdoses de herbicidas e seus derivados.
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