Puntos a tratar en este Tema :
Métodos de secuenciación del DNA
Secuenciación ordenada (clon a clon)
STS y ETS
Secuenciación aleatoria (Shotgun)
Mapas de expresión
Bancos de datos
Análisis bioinfomático
Paquetes de programas
http://mendel.uab.es/doctorat/genomica/
Mapas genéticos (de ligamiento o recombinación): basados en distancias o frecuencias de recombinación
(Gp:) Xg Proteína grupo sanguíneo
(Gp:) Ictiosis (un efermedad de la piel)
(Gp:) Albinismo ocular
(Gp:) Angioqueratoma (crecto celular)
(Gp:) Centrómero
(Gp:) Fosfoglicerato-quinasa
(Gp:) Alfa-galactosidasa
(Gp:) Xm
(Gp:) Deutan (ceguera color rojo-verde)
(Gp:) G6PD
(Gp:) Protano (ceguera color rojo-verde)
(Gp:) Hemofilía A
Mapas físicos y genéticos
Mapa de ligamiento parcial
del cromosoma X de la especie humana
Mapa genético del Cromosoma 1
Homo sapiens.
Mapas físicos y genéticos
Mapas físicos: la distancia entre marcadores es una distancia física real, basada en bp,
Posición citológica en los cromosomas, o fragmentos de cromosomas.
Secuenciación automatizada del DNA
Secuenciación basada en la terminación de cadena
Vector de clonación
Vector plasmídico
Vector bacteriófago M13
Fagémido
Interpretación de un cromatograma con Chroma
Limitaciones de la aproximación clásica
1/5.000.000 cada experimento
Secuenciación por capilaridad
96 canales, 96 secuencias en paralelo
< 2 horas/run -> 1000 secuencias/día
Pirosecuenciación
Adición nucleótidos libera pirofosfato
Con enzima sulfurilasa produce flash luminiscente
DNA chips
8-meros 65539 combinaciones. 256 bases legibles
10-meros 1048576 combinaciones, 1kb
20-meros 1012 combinaciones, 1MB
Alternativas de secuenciación
DNA chips (1 millón oligonucleótidos por cm2)
8-meros 65539 combinaciones. 256 bases legibles (raíz cuadrada de las posibles combinaciones)
10-meros 1048576 combinaciones, 1kb
20-meros 1012 combinaciones, 1MB
Alternativas de secuenciación
Estrategia del perdigonazo (shotgun)
Gran éxito en microorganismos (Haemophilus influenzae)
Aproximación Clon a clon (Consorcio público)
Aproximación del perdigonazo dirigida (Celera Genomics)
Ensamblaje de secuencias de DNA contiguas
Francis S.
Collins
Proyecto Genoma humano
Consorcio público
J. Craig
Venter
PE Celera Genomics
Arquitectura
del genoma de
Haemophilus
influenzae
Microorganismos secuenciados
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