El istmo de Panamá se formó al final del periodo Terciario.
Antes de crearse el actual istmo, las aguas cubrían la zona del actual Panamá. Una gran masa de agua separaba los continentes de América del Norte y del Sur, lo que permitía a las aguas de los océanos Pacífico y Atlántico mezclarse libremente.
Bajo la superficie, dos placas de la corteza terrestre se desplazaban lentamente, obligando a la placa del Pacífico a deslizarse bajo la placa del Caribe. La presión y el calor causado por esta colisión tectónica llevó a la formación de volcanes submarinos, algunos de los cuales crecieron lo suficiente como para conformar islas hace unos quince millones de años. Mientras tanto, el desplazamiento de las dos placas también fueron empujando …ver más…

En sentido inverso, de América del Sur hacia América del Norte, emigraron seres como los perezosos terrestres, además de aves del terror, gliptodontes, pampaterios, capibaras y notoungulados como Mixotoxodon.
En general, la migración neta inicial fue bastante equitativa. Más tarde, sin embargo, las especies del Sur resultaron mucho menos exitosas que las del Norte. Este fenómeno aconteció en ambas direcciones ya que los animales que emigraron hacia el norte a menudo no eran capaces de competir por los recursos con las especies que ocupaban los mismos nichos ecológicos en América del Norte, y los que habían logrado establecerse no se diversificaron mucho; en cambio las especies que migraron al sur se establecieron en un número mayor y se diversificaron considerablemente más, y se cree que causaron la extinción de una gran parte de la fauna nativa de América del Sur. El éxito de los grandes depredadores marsupiales y aviarios fue temporal, ya que al final todos desaparecieron.
En cuanto a los descendientes de inmigrantes africanos, monos y roedores de gran talla, lograron un éxito relativo.
Otros inmigrantes fueron los anfibios y reptiles; que fluyeron en ambos sentidos a través del Istmo de Panamá. Viniendo de Sudamérica animales como los