Tras la desaparición (y supuesta muerte) de Jack, el capitán Barbossa será el encargado de capitanear el barco que irá en su búsqueda hasta el fin del mundo. Para ello, acudirán a Sao Feng, líder pirata de Singapur.

Este no les brinda ayuda y además son continuamente emboscados por Lord Cutler Beckett (quien controla a Davy Jones y a su tripulación), pero Will consigue las cartas de navegación haciendo un trato con Sao Feng, prometiéndole entregarle a Jack Sparrow a cambio del Perla Negra.

Con la ayuda de Barbossa llegan al fin del mundo y entran en el reino de Davy Jones. Allí está Jack, sufriendo alucinaciones y desesperado, con la Perla Negra. Sin embargo, gracias a Tía Dalma, consigue sacar a flote la Perla, en el mismo momento …ver más…

Frente a frente, la Perla y el resto de naves piratas por un bando, y los buques de la corona y el Holandés Errante por el otro. En la última batalla entre Jack y Davy Jones, Jack roba su corazón y pronto Will y Elizabeth se le unen y se casan en plena batalla actuando como juez el Capitán Barbosa. Jack recuerda que quien apuñale el corazón tomará el cargo de capitán del Holandés Errante, con todo lo que ello implica. Davy Jones consigue matar a Will, pero el padre de Will y Jack le pasan el corazón de Jones, y con sus últimas fuerzas lo apuñala. El padre de Will le extirpa el corazón a Will metiéndolo en el cofre, a la par que Jones muere y cae al remolino creado por Calipso. Entre el Holandés (al mando ahora de Will) y el Perla, el barco de Lord Beckett (el Endeavour), queda destruido y éste muerto. Tras la batalla, Will está en una isla con Elizabeth, a la que da el cofre con su corazón, estando Will impedido de volver a tierra en diez años.

Barbosa hurta el Perla Negra, mientras Jack está en tierra, pero, muy astuto éste, había arrancado el mapa que le muestra el lugar donde quiera ir, y decide embarcarse en nuevas aventura, en busca de la fuente de la eterna juventud («Aqua de vida»).

OJO: Tras los créditos se puede ver una escena que transcurre 10 años después, en la que aparecen Elizabeth y el